国家水族馆项目是布吉巴和卡瓦拉美化计划的一部分，通过提供高端国家水族馆综合设施，对该地区的可用设施进行了大修。该项目的资金来自欧盟、马耳他政府和私营部门。

马耳他国家水族馆的倾斜屋顶是其特色之一，其标志性的曲线结构模仿的是海星的形状。

马耳他国家水族馆由26个展示水箱组成，每个都展示了地中海中现有的各种类型的鱼以及马耳他海洋中现存的历史文物。这些水箱被分成五个不同的主题区域，每个区域都包含马耳他群岛、大港以及戈佐岛和科米诺岛地区的不同特征。

这些展示的主题是讲述与马耳他群岛有关的文化和存护重要性的故事，而出现在展示中的动物则来自于本地、冷水、热带海洋以及淡水生态系统。水族馆的主水箱里居住着来自世界各地的物种，包括黑鳍鲨、斑马鲨、豹纹鲨、竹鲨以及鳐、鳗鱼和珊瑚礁物种。

它分为两层；一层由餐厅和礼品店组成，地下一层由水族馆及其设施组成。

于2013年开放的马耳他国家水族馆取得了可喜的成就。马耳他国家审计署报告称，在2014年至2017年之间，国家水族馆的访客人数大大超过了预测人数。